L'Agence française anticorruption est dirigée par un magistrat hors hiérarchie de l'ordre judiciaire nommé par décret du Président de la République pour une durée de six ans non renouvelable. Il ne peut être mis fin à ses fonctions que sur sa demande ou en cas d'empêchement ou en cas de manquement grave.
Le magistrat qui dirige l'agence ne reçoit ni ne sollicite d'instruction d'aucune autorité administrative ou gouvernementale dans l'exercice des missions mentionnées aux 3° et 4° de l'article 3. Il ne peut être membre de la commission des sanctions ni assister à ses séances.
L'agence comprend une commission des sanctions chargée de prononcer les sanctions mentionnées au IV de l'article 17.
La commission des sanctions est composée de six membres :
1° Deux membres du Conseil d'Etat désignés par le vice-président du Conseil d'Etat ;
2° Deux membres de la Cour de cassation désignés par le premier président de la Cour de cassation ;
3° Deux magistrats de la Cour des comptes désignés par le premier président de la Cour des comptes.
Les membres de la commission sont nommés par décret pour un mandat de cinq ans. Le président de la commission est désigné parmi ses membres, selon les mêmes modalités.
Des suppléants sont nommés selon les mêmes modalités.
En cas de partage égal des voix, le président de la commission a voix prépondérante.
Le magistrat qui dirige l'agence et les membres de la commission des sanctions sont tenus au secret professionnel.
Un décret en Conseil d'Etat précise les conditions de fonctionnement de l'agence ainsi que les modalités de désignation des membres de la commission des sanctions, de manière à assurer une représentation équilibrée entre les femmes et les hommes pour chacune des catégories énumérées aux 1° à 3°.