Em meados de 1990, com o fim do patrocínio do SEBRAE – Serviço Brasileiro de Apoio às Pequenas e Microempresas –, Pequenas Empresas & Grandes Negócios foi suspenso. O programa voltou ao ar em 15 de março de 1992, novamente aos domingos, no horário das 8h30, apresentado pela atriz Esther Jablonski. Nesse período, patrocinado pelo Banco Nacional, passou a ser realizado pela produtora independente paulista GTEC e a contar com o apoio técnico do SIMPI (Sindicato da Média e Pequena Indústria do Estado de São Paulo).
Após seu retorno à grade de programação, Pequenas Empresas & Grandes Negócios seguiu trabalhando com os mesmos elementos (matérias de serviço, noticiário, agenda semanal e relatos de experiências pessoais dos microempresários), e investiu mais na linguagem visual para encontrar soluções atraentes que prendessem a atenção do telespectador. O programa ganhou vinhetas eletrônicas e um cenário feito com ajuda de computação gráfica.
As reportagens continuaram a apostar na criatividade. Alguns dos temas tratados pelo programa foram: um ateliê especializado em bonecas de pano, cuja venda ajudava crianças excepcionais; o Táxi Cão, um serviço de transporte para pequenos animais; a pesca e o comércio da lagosta no Nordeste; e o limpareia, um adaptador para recipientes de plástico inventado em Belo Horizonte que, ligado ao acendedor do automóvel, transformava-se em um depósito de água para pequenas limpezas.
As entrevistas eram apresentadas nas colunas Opinião – com pessoas que falavam sobre assuntos de interesse dos pequenos empresários – e Palanque Eletrônico – com os representantes dos principais partidos políticos falando do que podiam fazer pelo micro e pequeno empresário. Outros quadros também passaram a fazer parte do programa, como o Literatura dos Negócios – um guia de lançamentos de livros sobre microempresas –, o Vídeo Empresa – exibição de vídeos institucionais enviados à produção do programa – e o Máquinas & Equipamentos, com novidades tecnológicas. Outras seções informativas, posteriormente criadas, foram Classificados, Dicionário dos Negócios e Tempo de Franquia.
Na sua segunda fase, Pequenas Empresas & Grandes Negócios passou a ser dirigido por Celso Fernando e supervisionado por Nelson Gomes, que assumiu a direção do programa em 1993. A editora responsável era Carmensita Corso, a coordenação geral estava a cargo de Maria Helena Tornovski e na produção estavam Alice Rondon e Oswaldo Delessio Filho.
Em 1999, o programa era reapresentado pelos canais Globo News e Futura, no mesmo dia de sua exibição na Globo.