Shin Megami Tensei V: Vengeance consta de dos sendas argumentales independientes: el "Canon de la venganza", una dramática epopeya de ajuste de cuentas, y la original "Canon de la creación", un conflicto eterno entre ángeles y demonios, en el que el protagonista lucha por el destino del mundo.
Cuando la escena de un asesinato en el Tokio actual bloquea el camino a casa de nuestro protagonista, un desvío imprevisto acaba dejándolo enterrado e inconsciente. Se despierta en un páramo arrasado por el apocalipsis que en un momento fue Tokio, ahora llamado Da'at. Antes de que los sanguinarios demonios puedan acabar con su vida, aparece un salvador y ambos se unen para convertirse en un poderoso ser: un Nahobino.
Con su recién descubierto poder, el protagonista deberá forjar su propio camino en un enigmático mundo lleno de deidades mitológicas y tiranos demoníacos.
